В настоящее время Кочубеевской районной больницей руководит главный врач, Беляйкин Вадим Анатольевич. Разветвлённая структура учреждения позволяет эффективно декомпозировать и решать поставленные задачи, в том числе и в круглосуточном режиме. Каждое направление курируется соответствующим заместителем главного врача или ответственным за данное направление.